Hoewel de Oral-B Pro 3 3500 op veel vlakken overtuigt, zijn er ook enkele nadelen die benoemd moeten worden. Het laadstation is vrij eenvoudig en zonder extra functies, wat soms als een gemis wordt ervaren voor gebruikers die gewend zijn aan een reisetui of er mee willen nemen op vakantie. Daarnaast kan het gewicht van de tandenborstel voor sommige gebruikers wat aan de zware kant zijn, vooral in vergelijking met lichtere modellen binnen dezelfde prijsklasse.
De meegeleverde Sensitive Clean opzetborstel is prettig voor mensen met gevoelige tanden, maar er wordt standaard slechts één opzetborstel meegeleverd. Wie wil variëren of de opzetborstel regelmatig wil vervangen, moet deze apart aanschaffen, wat extra kosten met zich meebrengt. Ook is het soms lastig om te beoordelen hoe ver je precies moet opstaan van de doorzichtige indicator voor de poetsdruk, omdat deze niet altijd direct goed zichtbaar is bij fel licht.
Verder missen sommige gebruikers extra connectiviteitsopties zoals Bluetooth, die steeds vaker voorkomen in tandenborstels in deze prijsklasse. Dit betekent dat er geen extra ondersteuning of coaching via een app beschikbaar is, wat voor sommige mensen vandaag de dag een voordeel kan zijn bij het verbeteren van de poetsroutine.